Auf ihrem 27 km langen Weg bis zur Mündung in den Hochrhein durchquert sie eine reich gegliederte Landschaft. Ihr Lauf führt von den Höhen des Schwarzwalds in das eiszeitlich geformte Tal von Todtmoos, dann unterhalb von Todtmoos-Au in die 9,5 km lange wilde Wehraschlucht mit bis zu 300 m hohen Felswänden. Ab Wehr fließt die Wehra entlang der tektonischen Bruchzone zwischen der Karstlandschaft des Dinkelbergs und dem Höhenzug des Hotzenwaldes, um sich bei Brennet in 283 m Höhe in den Hochrhein zu ergießen.
