Anfang des 19. Jahrhunderts veranlasste Abt Berthold Rottler von St. Blasien den Neubau der Waldshuter Kirche. Der Architekt der Abtei Sankt Blasien, Sebastian Fritschi, ließ den französischen Klassizismus mit einfließen. im Jahre 1806 wurde das Kloster St. Blasien im Rahemn der Säkularisation aufgehoben und Fritschi stand unter staatlicher Bauaufsicht. Die Liebfrauenkirche erhielt auf Geheiß der badischen Großherzogs zwei Seitenaltäre der Klosterkirche und Teile des Chorgestühls von ihrer ehemaligen Patronatskirche.
Die Liebfrauenkirche war eine eher schlicht Kirche, wurde aber in den weiteren Jahren durch Renovierungen reicher. Nun findet man Malereien von Kaltenbach und Bertsche, sowie Statuen von Vollmar und Moroder/Ebi in der Kirche.
Die Orgel ist das Werk von Franz C. Winterhalter aus Oberharmersbach und wurde im Jahre 2007 Grundsaniert.
Das Geläut der Pfarrkirche besteht aus sechs Glocken und ist eines der ältesten im Erzbistum Freiburg.
