Die Fundamente des Tores stammen aus dem 13. Jahrhundert. Es fungierte als östliches Eingangstor der Stadt und wird auch Schaffhauser Tor genannt, da es aus Richtung Schaffhausen in die Stadt hineinführt. In den oberen Stockwerken befand sich die Wohnung des Turmwächters, der von hier aus Sicht nach allen Seiten hin hatte und nicht nur die Stadt, sondern auch den Rhein überwachte.
Während der Belagerung durch schweizerische/eidgenössische Truppen 1468 wurde das Obere Tor beschädigt. Bis 1864 diente der Turm auch als Gefängnis, die alte Gefängniszelle ist bis heute erhalten. Im 18. und 19. Jahrhundert saßen hier Aufständische der "Salpeterer"-Bewegung aus der Grafschaft Hauenstein ein.
Auf der Außenseite des Tors ist ein Teilwappen und eine Erinnerungstafel von 1932 zu sehen. Auf der Stadtseite wurde in den 1960er Jahren die Figur des "Waldshuter Männles" in Hotzenwälder Tracht aufgemalt. Das Bild nimmt Bezug auf die Legende über den vorgeblichen Ursprung des Stadtnamens. Heute befindet sich im Tor unter anderem die Zunftstube der Narro-Zunft 1411 Waldshut e.V.. Das Obere Tor kann im Rahmen einer Stadtführung besichtigt werden.
Die Salpeterer-Unruhen
Im 18. und 19. Jahrhundert gab es im Hotzenwald mehrere Bauernauf- und widerstände, die als die Salpeterer-Unruhen in die Geschichte eingingen. Der Name kommt vom alten Beruf des Salpetersieders (Sammler/Beschaffer von Salpeter z.B. zur Herstellung von Schwarzpulver), denn der erste Aufständische übte diesen Beruf aus und wurde im Volksmund auch "Salpeterer-Hans" genannt.
